Việc phân loài của chi này vẫn còn gây nhiều tranh cãi, và việc phân loại mới được đề xuất.[2][3][4][5] Năm 2011, Jessica Lynch Alfaro và các cộng sự đã đề xuất loài khỉ thầy tu lớn (trước đây là loài Cebus apella) được đặt trong một chi riêng biệt, Sapajus, còn khỉ thầy tu mảnh dẻ (trước đây là nhóm Cebus capucinus) giữ nguyên trong chi Cebus.[6][7] Và cách phân loại này được sử dụng phổ biến.[8]

Theo các nghiên cứu di truyền do Lynch Alfaro nghiên cứu vào năm 2011, khỉ thầy tu mảnh dẻ có nguồn gốc tách ra khoảng 6,2 triệu năm trước đây. Lynch Alfaro nghi ngờ rằng việc này chính là bởi sông Amazon, mà tách khỏi những con khỉ trong rừng Amazon để phát triển thành loài khỉ thầy tu mảnh dẻ phát triển ở phía Bắc của rừng, từ những loài khỉ trong rừng Đại Tây Dương ở phía nam của dòng sông để phát triển thành những con khỉ thầy tu lớn. Khỉ thầy tu mảnh dẻ có chân dài hơn so với loài khỉ thầy tu lớn, ngoài ra là hộp sọ tròn, trong khi con khỉ thầy tu lớn lại có hàm thích nghi tốt hơn cho việc ăn các loại hạt cứng. Đặc điểm nổi bật là chỏm lông ở đầu và bộ râu của những con đực.[6][7]